Dans les ruelles pittoresques de Toulouse, Paul, un adolescent en rupture, abandonne tout pour devenir le disciple de son chien : il vit avec lui en vagabond dans un cagibi d’escalier et reçoit ses leçons de sagesse. Or, voilà que Knult, le chien-philosophe, meurt dans des conditions mystérieuses.
Tandis que la vie paisible du quartier est troublée par des rumeurs d’enlèvements d’animaux domestiques, une enquête sauvage et drôle commence, dans laquelle le sort des hommes et celui des bêtes vont se trouver inextricablement liés.
Métaphysique du chien se présente comme une chronique de quartier, dans la ville rose, où survit le parler argotique et truculent du Sud-Ouest.
Une multitude de personnages hauts en couleurs vont, viennent, se croisent, comme reliés entre eux par un fil invisible : l’inspecteur Moskato, policier dépressif qui ne se remet pas de la disparition de son caniche, Ange Fraboli, voleur à la petite semaine de chiens et de chats, Mme Estrouffigue, propriétaire tyrannique et bienfaitrice du chien Knult, Véro, la jolie vétérinaire amoureuse de Paul et qui a tant de mal à dissimuler sa répulsion pour les chiens…
Quant à Paul, héros tourmenté et intransigeant, il ira jusqu’au bout de sa quête et ne sera vraiment lui-même qu’après avoir franchi les étapes d’une longue initiation : où conduisent les traces de Knult? S’agit-il de déjouer un complot, ou de trouver le sens caché de l’existence?